Reposição do custo de um artigo com nota de crédito de fornecedor   

Boa tarde,

Foi colocada uma questão relativamente à seguinte situação:

Neste processo, em que houve duas entradas (ponto 1 e ponto 2), ficámos com um PCM de 1,5€.
Posteriormente, foi lançada uma nota de crédito de fornecedor duma fatura dessas em que desconta o valor do inventário pelo PCM existente.
O cliente considera que deveria descontar pelo preço unitário definido na nota de crédito (o que não considero correto, pois vai alterar erradamente o custo do artigo).

Alguém já teve uma questão deste tipo?
Como esclarecer esta situação?